บทบัญญัติมาตรา ๕๔วรรคสองมิให้นำมาใช้บังคับกับกรณีที่บริษัทปรับโครงสร้างหนี้ โดยการออกหุ้นใหม่เพื่อชำระหนี้แก่เจ้าหนี้ตามโครงการแปลงหนี้เป็นทุนซึ่งได้รับอนุมัติจากที่ประชุมผู้ถือหุ้น ด้วยคะแนนเสียงไม่น้อยกว่าสามในสี่ของจำนวนเสียงทั้งหมดของผู้ถือหุ้นซึ่งมาประชุมและมีสิทธิออกเสียงลงคะแนน การออกหุ้นเพื่อชำระหนี้และโครงการแปลงหนี้เป็นทุนตามวรรคหนึ่ง ให้เป็นไปตามหลักเกณฑ์ และวิธีการที่กำหนดในกฎกระทรวง