ศาลปกครองมีหน่วยธุรการของศาลปกครองที่เป็นอิสระ โดยมีเลขาธิการ สำนักงานศาลปกครองเป็นผู้บังคับบัญชาขึ้นตรงต่อประธานศาลปกครองสูงสุด การแต่งตั้งเลขาธิการสำนักงานศาลปกครอง ต้องมาจากการเสนอของประธานศาลปกครอง สูงสุดและได้รับความเห็นชอบของคณะกรรมการตุลาการศาลปกครองตามที่กฎหมายบัญญัติ เล่ม ๑๒๔ ตอนที่ ๔๗ ก สำนักงานศาลปกครองมีอิสระในการบริหารงานบุคคล การงบประมาณ และการดำเนินการอื่น ทั้งนี้ ตามที่กฎหมายบัญญัติ