ให้สำนักงานมีเลขาธิการคนหนึ่งซึ่งประธานผู้ตรวจการแผ่นดินแต่งตั้ง ตามมติของผู้ตรวจการแผ่นดิน เป็นผู้บังคับบัญชาพนักงานและลูกจ้างของสำนักงาน และรับผิดชอบ การปฏิบัติงานของสำนักงานขึ้นตรงต่อผู้ตรวจการแผ่นดิน ผู้ตรวจการแผ่นดินจะมีมติกำหนดให้มี รองเลขาธิการเป็นผู้ช่วยสั่งและปฏิบัติงานรองจากเลขาธิการก็ได้ ในกรณีที่ผู้ตรวจการแผ่นดินประชุมร่วมกัน ให้เลขาธิการทำหน้าที่เป็นเลขานุการของที่ประชุม ผู้ตรวจการแผ่นดิน