กองจัดการคุณภาพน้า มีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้

(๑) เสนอความเห็นเพื่อจัดทำนโยบายและแผนการส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อม แห่งชาติในส่วนที่เกี่ยวข้องกับการจัดการมลพิษทางน้า

(๒) จัดทำแผนจัดการคุณภาพสิ่งแวดล้อมด้านการจัดการมลพิษ ประสานการจัดทำ แผนปฏิบัติการเพื่อลดและขจัดมลพิษด้านมลพิษทางน้า

(๓) ประสานการปฏิบัติการเพื่อให้เกิดการแก้ไขหรือฟื้นฟูแหล่งน้าที่ได้รับผลกระทบ จากมลพิษทางน้า และประเมินความเสียหายต่อคุณภาพน้า

(๔) เสนอแนะ มาตรฐาน มาตรการ หลักเกณฑ์และวิธีการควบคุมมลพิษทางน้า

(๕) ติดตาม ตรวจสอบคุณภาพน้า และจัดทำรายงานสถานการณ์ด้านมลพิษทางน้า

(๖) พัฒนาระบบ รูปแบบ หลักเกณฑ์ปฏิบัติ และวิธีการที่เหมาะสมในการลดมลพิษทางน้า

(๗) เสนอแนะ ร่วมมือ และดำเนินมาตรการระหว่างประเทศด้านการจัดการคุณภาพน้า

(๘) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่อธิบดี มอบหมาย