ครุยวิทยฐานะของมหาวิทยาลัยนเรศวร มีสามชั้น ดังต่อไปนี้

(๑) ครุยดุษฎีบัณฑิต เป็นครุยพื้นผ้าโปร่งสีขาว มีสำรดรอบขอบและที่ปลายแขนพื้นสำรด ทำด้วยสักหลาดสีดำ กว้าง ๑๐ เซนติเมตร มีแถบทอง กว้าง ๑ เซนติเมตร ทับบนริมทั้งสองข้าง ถัดมาเป็นแถบสีประจำมหาวิทยาลัย กว้าง ๒เซนติเมตร ทับทั้งสองข้างและถัดมาอีกเป็นแถบทอง กว้าง ๑ เซนติเมตร ทับทั้งสองข้าง ตอนกลางสำรดเป็นพื้นสักหลาดสีดำ กว้าง ๒เซนติเมตร และมี ตรามหาวิทยาลัยซึ่งมีลักษณะเป็นพระบรมรูปสมเด็จพระนเรศวรมหาราชในท่าประทับนั่ง พระหัตถ์ ขวาทรงสุวรรณภิงคารหลั่งทักษิโณทก ประกาศอิสรภาพ ตอนล่างพระแท่นมีอักษรชื่อมหาวิทยาลัย นเรศวรอยู่ภายในป้ายชายธงทำด้วยโลหะสีเงิน สูง ๕ เซนติเมตร ติดตามทางดิ่งกลางสำรดบนแถบ สักหลาดตอนหน้าอกทั้งสองข้าง ที่ต้นแขนมีสำรดรอบต้นแขน พื้นสำรดทำด้วยสักหลาดสีดำ กว้าง ๑๐ เซนติเมตร มีแถบทอง กว้าง ๑ เซนติเมตร ทับบนริมทั้งสองข้าง ถัดมาเป็นแถบสีเทา กว้าง ๑ เซนติเมตร ทับทั้งสองข้าง ตอนกลางมีแถบทับสีแสด กว้าง ๑ เซนติเมตร จำนวน ๓ แถบ โดยห่างจากแถบสีเทา ๑ เซนติเมตร และระหว่างแถบสีแสดห่างกัน ๐.๕ เซนติเมตร

(๒) ครุยมหาบัณฑิต เช่นเดียวกับครุยดุษฎีบัณฑิต แต่สำรดรอบต้นแขนพื้นสำรดทำด้วย สักหลาดสีดำ กว้าง ๑๐ เซนติเมตร มีแถบทอง กว้าง ๑ เซนติเมตร ทับบนริมทั้งสองข้าง ถัดมาเป็น แถบสีเทา กว้าง ๑ เซนติเมตร ทับทั้งสองข้าง ตอนกลางมีแถบทับสีแสด กว้าง ๑.๕ เซนติเมตร จำนวน ๒แถบ โดยห่างจากแถบสีเทา ๑ เซนติเมตร และระหว่างแถบสีแสดห่างกัน ๑ เซนติเมตร

(๓) ครุยบัณฑิต เช่นเดียวกับครุยมหาบัณฑิต แต่สำรดรอบต้นแขน พื้นสำรดทำด้วย สักหลาดสีดำ กว้าง ๑๐ เซนติเมตร มีแถบทอง กว้าง ๑ เซนติเมตร ทับบนริมทั้งสองข้าง ถัดมาเป็น แถบสีเทา กว้าง ๑ เซนติเมตร ทับทั้งสองข้าง ตอนกลางมีแถบทับสีแสด กว้าง ๒ เซนติเมตร จำนวน ๑ แถบ โดยห่างจากแถบสีเทา๒เซนติเมตร