การบัญชีของสถาบัน ให้จัดทำตามหลักเกณฑ์ที่คณะกรรมการกำหนด ซึ่งต้องเป็นไปตามมาตรฐานการบัญชีภาครัฐและนโยบายการบัญชีภาครัฐ และต้องจัดให้มี การตรวจสอบภายในเกี่ยวกับการเงิน การบัญชี และการพัสดุของสถาบัน ตลอดจน รายงานผลการตรวจสอบให้คณะกรรมการทราบอย่างน้อยปีละครั้ง เลม่ ๑๓๘ ตอนที่ ๔๖ ก หนา้ ๔๗ ในการตรวจสอบภายใน ให้มีเจ้าหน้าที่หรือผู้ปฏิบัติงานของสถาบันทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบ ภายในโดยเฉพาะและให้รับผิดชอบขึ้นตรงต่อคณะกรรมการตรวจสอบและคณะกรรมการตามระเบียบ ที่คณะกรรมการกำหนด ในการแต่งตั้ง โยกย้าย เลื่อนเงินเดือน เลื่อนตำแหน่ง และลงโทษทางวินัยของผู้ตรวจสอบ ภายใน ให้ผู้อำนวยการและคณะกรรมการตรวจสอบพิจารณาร่วมกันแล้วเสนอให้คณะกรรมการ ให้ความเห็นชอบก่อนจึงดำเนินการได้

ให้สถาบันจัดทำรายงานการเงินประจำปีส่งผู้สอบบัญชีภายในเก้าสิบวัน นับแต่วันที่สิ้นปีบัญชีทุกปี ในทุกรอบปี ให้สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินหรือบุคคลภายนอกตามที่คณะกรรมการแต่งตั้ง ด้วยความเห็นชอบของสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินเป็นผู้สอบบัญชีและประเมินผลการใช้จ่ายเงิน และทรัพย์สินของสถาบัน โดยให้แสดงความคิดเห็นเป็นข้อวิเคราะห์ว่าการใช้จ่ายดังกล่าวเป็นไป ตามวัตถุประสงค์ ประหยัด และได้ผลตามเป้าหมายเพียงใด แล้วบันทึกรายงานผลการสอบบัญชี เสนอต่อคณะกรรมการ ผู้สอบบัญชีมีอำนาจตรวจสอบสรรพสมุดบัญชีและเอกสารหลักฐานต่าง ๆ ของสถาบัน สอบถามผู้อำนวยการ ผู้ตรวจสอบภายใน เจ้าหน้าที่และผู้ปฏิบัติงาน หรือบุคคลอื่น และ เรียกให้ส่งสรรพสมุดบัญชี และเอกสารหลักฐานต่างๆของสถาบันเป็นการเพิ่มเติมได้ตามความจำเป็น