ในการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ให้แบ่งการบริหารงานเป็น ๓ ระดับ ได้แก่ ระดับนโยบาย ระดับแปลงนโยบายไปสู่การปฏิบัติ และระดับหน่วยปฏิบัติ ตามหลักเกณฑ์ ดังต่อไปนี้

(๑) ระดับนโยบาย ให้หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติเป็นผู้รับผิดชอบในการกำหนด นโยบายและแนวทางการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยให้สอดคล้องกับนโยบายการบริหาร และการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ และมีสำนักงานสภาความมั่นคงแห่งชาติเป็นผู้ให้คำปรึกษา

(๒) ระดับแปลงนโยบายไปสู่การปฏิบัติ โดยแบ่งออกเป็น ๒ ส่วน ดังต่อไปนี้

(ก) ให้มีคณะกรรมการขับเคลื่อนการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ เรียกโดยย่อว่า “คปต.” ประกอบด้วย ประธานกรรมการ กรรมการ เลขานุการ และผู้ช่วยเลขานุการ ตามที่คณะรักษาความสงบแห่งชาติแต่งตั้ง โดยให้มีอำนาจหน้าที่ในการบูรณาการงานการแก้ไขปัญหา จังหวัดชายแดนภาคใต้ของส่วนราชการ หน่วยงานของรัฐ คณะกรรมการยุทธศาสตร์ด้านการพัฒนา จังหวัดชายแดนภาคใต้ตามกฎหมายว่าด้วยการบริหารราชการจังหวัดชายแดนภาคใต้ และ คณะกรรมการขับเคลื่อนนโยบายและยุทธศาสตร์การแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ตามคำสั่ง สำนักนายกรัฐมนตรี ที่ ๓๐๗/๒๕๕๕ เรื่อง แต่งตั้งคณะกรรมการขับเคลื่อนนโยบายและยุทธศาสตร์ การแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ลงวันที่ ๒๑ พฤศจิกายน ๒๕๕๕ และที่แก้ไขเพิ่มเติม

(ข) ให้กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักรและศูนย์อำนวยการบริหาร จังหวัดชายแดนภาคใต้เป็นหน่วยงานหลักร่วมกันในการบูรณาการแผนปฏิบัติการ แผนงาน และ โครงการของส่วนราชการและหน่วยงานของรัฐ ในด้านความมั่นคงและด้านการพัฒนาที่เกี่ยวกับ การแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ตลอดจนสร้างความประสานสอดคล้องในทุกมิติ เล่ม ๑๓๑ ตอนพิเศษ ๑๔๓ ง

(๓) ระดับหน่วยปฏิบัติ ให้กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในภาค ๔ ส่วนหน้า เป็นหน่วยงานหลัก มีหน้าที่รับผิดชอบขับเคลื่อนงานการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ทั้งปวงในพื้นที่ และให้ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้จัดให้มีศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดน ภาคใต้ ส่วนหน้า เพื่อปฏิบัติงานร่วมกับกองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในภาค ๔ ส่วนหน้า