ภายใต้บังคับมาตรา ๔๐ วรรคสองและวรรคสาม ให้ผู้อำนวยการมีหน้าที่ บริหารกิจการของสถาบันให้เป็นไปตามกฎหมาย วัตถุประสงค์ของสถาบัน มติคณะรัฐมนตรี ระเบียบ ข้อบังคับ ข้อกำหนด นโยบาย มติ และประกาศของคณะกรรมการ และเป็นผู้บังคับบัญชาเจ้าหน้าที่ และผู้ปฏิบัติงานทุกตำแหน่ง รวมทั้งให้มีหน้าที่ดังต่อไปนี้

(๑) เสนอเป้าหมาย แผนงาน โครงการ และงบประมาณประจำปีต่อคณะกรรมการ เพื่อให้ การดำเนินงานของสถาบันบรรลุวัตถุประสงค์

(๒) ประสานงานและร่วมมือกับหน่วยงานในระบบรางทั้งในภาครัฐและเอกชน

(๓) เสนอความเห็นเกี่ยวกับการปรับปรุงกิจการและการดำเนินงานของสถาบันให้มีประสิทธิภาพ และเป็นไปตามวัตถุประสงค์ของสถาบันต่อคณะกรรมการ

(๔) เสนอรายงานประจำปีเกี่ยวกับผลการดำเนินงานด้านต่าง ๆ ของสถาบัน รวมทั้ง รายงานการเงินต่อคณะกรรมการเพื่อพิจารณา ผู้อำนวยการต้องรับผิดชอบต่อคณะกรรมการในการบริหารกิจการของสถาบัน