การบัญชีของสำนักงาน ให้จัดทำตามหลักเกณฑ์ที่คณะกรรมการกำหนด ซึ่งต้องเป็นไปตามมาตรฐานการบัญชีภาครัฐและนโยบายการบัญชีภาครัฐ และต้องจัดให้มีการตรวจสอบ ภายในเกี่ยวกับการเงิน การบัญชี และการพัสดุของสำนักงาน ตลอดจนรายงานผลการตรวจสอบ ให้คณะกรรมการทราบอย่างน้อยปีละครั้ง ในการตรวจสอบภายใน ให้มีเจ้าหน้าที่หรือผู้ปฏิบัติงานของสำนักงานทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบ ภายในโดยเฉพาะและให้รับผิดชอบขึ้นตรงต่อคณะกรรมการตรวจสอบและคณะกรรมการตามระเบียบ ที่คณะกรรมการกำหนด ในการแต่งตั้ง โยกย้าย เลื่อนเงินเดือน เลื่อนตำแหน่ง และลงโทษทางวินัยของผู้ตรวจสอบภายใน ให้ผู้อำนวยการและคณะกรรมการตรวจสอบพิจารณาร่วมกันแล้วเสนอให้คณะกรรมการให้ความเห็นชอบก่อน จึงดำเนินการได้

ให้สำนักงานจัดทำรายงานการเงินประจำปีส่งผู้สอบบัญชีภายในเก้าสิบวัน นับแต่วันสิ้นปีบัญชีทุกปี เล่ม ๑๔๓ ตอนที่ ๑๐ ก ในทุกรอบปี ให้สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินหรือบุคคลภายนอกตามที่คณะกรรมการแต่งตั้ง ด้วยความเห็นชอบของสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินเป็นผู้สอบบัญชีและประเมินผลการใช้จ่ายเงิน และทรัพย์สินของสำนักงาน โดยให้แสดงความคิดเห็นเป็นข้อวิเคราะห์ว่าการใช้จ่ายดังกล่าวเป็นไป ตามวัตถุประสงค์ ประหยัด และได้ผลตามเป้าหมายเพียงใด แล้วทำบันทึกรายงานผลการสอบบัญชีเสนอ ต่อคณะกรรมการ ผู้สอบบัญชีมีอำนาจตรวจสอบสรรพสมุดบัญชีและเอกสารหลักฐานต่าง ๆ ของสำนักงาน เข้าถึงและตรวจสอบข้อมูลที่เกี่ยวข้องในระบบสารสนเทศ สอบถามผู้อำนวยการ รองผู้อำนวยการ ผู้ช่วยผู้อำนวยการ ผู้ตรวจสอบภายใน เจ้าหน้าที่และผู้ปฏิบัติงาน หรือบุคคลอื่น และเรียกให้ส่ง สรรพสมุดบัญชีและเอกสารหลักฐานต่าง ๆ ของสำนักงานเป็นการเพิ่มเติมได้ตามความจำเป็น