ในกรณีที่ใบอนุญาตสูญหาย ถูกทำลาย หรือชำรุดเสียหายในสาระสำคัญ ให้ผู้รับอนุญาต ยื่นคำขอรับใบแทนใบอนุญาตต่ออธิบดีหรือผู้ซึ่งอธิบดีมอบหมาย พร้อมด้วยเอกสารหรือหลักฐานตามที่ระบุไว้ ในแบบคำขอ และให้นำความในข้อ ๘ ข้อ ๑๒ และข้อ ๒๑ มาใช้บังคับแก่การขอรับใบแทน ใบอนุญาตด้วยโดยอนุโลม เมื่อเจ้าหน้าที่ตรวจสอบแล้วพบว่า ผู้ขอรับใบแทนใบอนุญาตเป็นผู้รับอนุญาต และใบอนุญาตสูญหาย ถูกทำลาย หรือชำรุดเสียหายในสาระสำคัญจริง ให้เสนอความเห็นประกอบการพิจารณาต่ออธิบดี หรือผู้ซึ่งอธิบดีมอบหมายเพื่อออกใบแทนใบอนุญาตให้แก่ผู้ยื่นคำขอภายในสิบวันนับแต่วันที่ได้รับคำขอ ในกรณีที่มีคำสั่งอนุญาตให้ออกใบแทนใบอนุญาต ให้ออกใบแทนใบอนุญาตโดยใช้แบบใบอนุญาตเดิม และระบุคำว่า “ใบแทน” หรือใช้ข้อความอื่นใดทำนองเดียวกันไว้ที่กึ่งกลางส่วนบนด้านหน้าของใบอนุญาต โดยหากเป็นใบแทนใบอนุญาตให้นำเข้า ส่งออก หรือนำผ่านสัตว์น้ำ ผู้ขอรับใบแทนใบอนุญาต ต้องชำระค่าธรรมเนียมใบแทนใบอนุญาตให้ครบถ้วนก่อนด้วย ในกรณีที่มีคำสั่งไม่อนุญาตให้ออกใบแทนใบอนุญาต ให้แจ้งผู้ขอรับใบแทนใบอนุญาตทราบ ภายในเจ็ดวันนับแต่วันที่มีคำสั่งไม่อนุญาต พร้อมด้วยเหตุผลและแจ้งสิทธิอุทธรณ์ด้วย