กองพัฒนาระบบและรับรองมาตรฐานสินค้าพืช มีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้

(๑) ศึกษา วิจัย และพัฒนาระบบการตรวจสอบรับรองมาตรฐานคุณภาพสินค้าพืช และผลิตภัณฑ์พืช

(๒) ให้บริการตรวจวิเคราะห์เพื่อรับรองคุณภาพสินค้าพืชและผลิตภัณฑ์พืช

(๓) ให้บริการรับรองระบบการผลิตพืชและผลิตภัณฑ์พืช

(๔) ประสานงานและเจรจาแก้ไขปัญหาการจัดทำข้อตกลงด้านการค้าระหว่างประเทศ

(๕) ให้บริการวิชาการและเทคโนโลยีการเกษตรด้านมาตรฐานสินค้าพืชแก่เจ้าหน้าที่ และหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง ตลอดจนเกษตรกรและภาคเอกชน

(๖) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่อธิบดี มอบหมาย