ให้สำนักงานบริหารจัดการทรัพยากรน้ำแห่งชาติเป็นส่วนราชการที่อยู่ในบังคับบัญชา ขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรี โดยมีส่วนราชการ หน้าที่และอำนาจตามที่บัญญัติในกฎกระทรวง แบ่งส่วนราชการสำนักงานบริหารจัดการทรัพยากรน้ำแห่งชาติ และเป็นฝ่ายบูรณาการข้อมูลสารสนเทศ ฝ่ายแผนงาน โครงการ ฝ่ายงบประมาณบริหารจัดการ และฝ่ายติดตามและประเมินผลการบริหาร จัดการทรัพยากรน้ำ เพื่อประโยชน์ในการกำหนดนโยบายการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำทั้งระบบ ในกรณีมีเหตุจำเป็นฉุกเฉิน ให้สำนักงานบริหารจัดการทรัพยากรน้ำแห่งชาติมีอำนาจจัดตั้ง ศูนย์เฉพาะกิจชั่วคราว และมีอำนาจในการขอเจ้าหน้าที่ในส่วนราชการหรือหน่วยงานของรัฐ มาปฏิบัติหน้าที่ได้ตามความจำเป็นและเหมาะสม ให้มีผู้อำนวยการสำนักงานบริหารจัดการทรัพยากรน้ำแห่งชาติเป็นผู้บังคับบัญชาข้าราชการ พนักงาน และลูกจ้างในสำนักงานบริหารจัดการทรัพยากรน้ำแห่งชาติ และรับผิดชอบในการปฏิบัติราชการขึ้นตรง ต่อนายกรัฐมนตรี