ตราสัญลักษณ์มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ มีลักษณะเป็นตราประจำ พระองค์สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ ประกอบด้วย อักษรพระนาม “ก.ว.” สีฟ้าน้ำทะเล ภายใต้ตราจุลมงกุฎสีทอง และมีแพรแถบสีขาวขอบสีทองรองรับ เล่ม ๑๒๕ตอนที่ ๑๓๘ ก อยู่เบื้องล่าง พร้อมอักษรคำว่า “มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์” สีฟ้าน้ำทะเล ซึ่งเป็นสีประจำ พระองค์ของสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ ประดับอยู่ ภายใน