อธิบดีมีอำนาจตั้งด่านตรวจเรือเข้าและออก และจะมอบหมายให้พนักงาน ศุลกากรประจำอยู่ในเรือลำใด ๆ ในเวลาที่เรือนั้นอยู่ในเขตน่านน้ำไทยก็ได้ เรือทุกลำที่จะผ่านด่านตรวจต้องมีพนักงานศุลกากรขึ้นเรือกำกับไปด้วย เว้นแต่จะได้รับอนุญาต จากพนักงานศุลกากรกำกับด่านตรวจ และเมื่อเรือลำนั้นจะออกจากเขตท่า ให้หยุดลอยลำที่ด่านตรวจ เพื่อส่งพนักงานศุลกากรขึ้นจากเรือ