เมื่อกฎกระทรวงก้าหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขในการขอรับใบอนุญาต และการออกใบอนุญาตการใช้น้าประเภทที่สองหรือการใช้น้าประเภทที่สามตามมาตรา ๔๕ ใช้บังคับแล้ว ให้ผู้ใช้น้าอยู่เดิมที่เข้าลักษณะของการใช้น้าประเภทที่สองตามมาตรา ๔๑

(๒) หรือการใช้น้าประเภทที่สาม ตามมาตรา ๔๑

(๓) แล้วแต่กรณี ยื่นค้าขอรับใบอนุญาตการใช้น้าตามพระราชบัญญัตินีภายในหกสิบวัน นับแต่วันที่กฎกระทรวงดังกล่าวมีผลใช้บังคับ และเมื่อได้ยื่นค้าขอรับใบอนุญาตภายในก้าหนดเวลา ดังกล่าวแล้วให้ใช้น้าต่อไปได้จนกว่าอธิบดีกรมชลประทาน อธิบดีกรมทรัพยากรน้า หรืออธิบดี กรมทรัพยากรน้าบาดาล แล้วแต่กรณี จะมีค้าสั่งไม่อนุญาต