ให้มีเลขาธิการศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ มีฐานะเทียบเท่า ปลัดกระทรวง รับผิดชอบในการปฏิบัติหน้าที่ของ ศอ.บต. และเป็นผู้บังคับบัญชาข้าราชการ พนักงาน และลูกจ้างซึ่งปฏิบัติงานใน ศอ.บต. ขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรี โดยจะให้มีรองเลขาธิการตามจำนวน ที่นายกรัฐมนตรีกำหนดเป็นผู้ช่วยสั่งและปฏิบัติงานตามที่เลขาธิการมอบหมายก็ได้ ให้เลขาธิการและรองเลขาธิการเป็นข้าราชการพลเรือนสามัญ ให้นายกรัฐมนตรีเป็นผู้นำความกราบบังคมทูลเพื่อโปรดเกล้า ฯ แต่งตั้งเลขาธิการและ รองเลขาธิการ และให้เลขาธิการและรองเลขาธิการพ้นจากตำแหน่ง เล่ม ๑๒๗ ตอนที่ ๘๐ ก