กองเศรษฐกิจสุขภาพและหลักประกันสุขภาพ มีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้

(๑) จัดทำและเสนอแนะนโยบาย ยุทธศาสตร์ ระบบประกันสุขภาพ ระบบการเงินการคลังสุขภาพ และระบบเศรษฐกิจสุขภาพของประเทศ ที่มีประสิทธิภาพ เพียงพอ ยั่งยืน และเป็นธรรม

(๒) พัฒนาระบบประกันสุขภาพและสิทธิประโยชน์ด้านสุขภาพที่จำเป็นและคุ้มค่าให้ครอบคลุม คนไทยและบุคคลต่างๆ ที่อยู่ในราชอาณาจักรไทย

(๓) พัฒนากลไกการขับเคลื่อน กำกับ ติดตาม และการดำเนินการตามนโยบาย ยุทธศาสตร์ ระบบประกันสุขภาพ ระบบการเงินการคลังสุขภาพ และระบบเศรษฐกิจสุขภาพของประเทศ

(๔) บริหารจัดการการประกันสุขภาพคนต่างด้าว แรงงานต่างด้าว และบุคคลที่มีปัญหา สถานะและสิทธิ ตลอดจนสิทธิตามหลักประกันสุขภาพอื่นๆ

(๕) พัฒนาระบบข้อมูลสารสนเทศด้านการเงินการคลังสุขภาพของประเทศ

(๖) พัฒนาระบบข้อมูลและบริหารจัดการการเงินการคลังของหน่วยบริการให้มีประสิทธิภาพ

(๗) พัฒนาภาคีเครือข่ายด้านการเงินการคลังและเศรษฐกิจในระบบประกันสุขภาพของประเทศ

(๘) ปฏิบัติ งานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติ งานของหน่วยงานอื่ นที่เกี่ ยวข้องหรือ ที่ปลัดกระทรวงมอบหมาย