กองสาธารณสุขฉุกเฉิน มีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้

(๑) จัดทำและเสนอแนะนโยบายและยุทธศาสตร์การป้องกันและบรรเทาสาธารณภัย ด้านการแพทย์และการสาธารณสุขระดับชาติ

(๒) เป็นหน่วยงานหลักในการประสานและขับเคลื่อนยุทธศาสตร์การป้องกันและบรรเทา สาธารณภัยด้านการแพทย์และการสาธารณสุขระดับชาติตามกฎหมายว่าด้วยการป้องกันและบรรเทา สาธารณภัยในทุกระดับ ตลอดจนเป็นศูนย์ประสานงานกลางของหน่วยงานทั้งส่วนกลาง ส่วนภูมิภาค ส่วนท้องถิ่น และภาคีเครือข่ายที่เกี่ยวข้อง

(๓) เป็นหน่วยงานหลักด้านการแพทย์และการสาธารณสุข รับผิดชอบในการตอบสนองต่อ ภาวะฉุกเฉินด้านการแพทย์และการสาธารณสุข และจัดให้มีระบบบัญชาการเหตุการณ์ด้านการแพทย์ และการสาธารณสุข รวมทั้งจัดให้มีศูนย์ปฏิบัติการภาวะฉุกเฉินด้านการแพทย์และการสาธารณสุข ในระดับต่างๆ

(๔) สนับสนุนและพัฒนาระบบบริหารจัดการทรัพยากรในการจัดการภาวะฉุกเฉินและ สาธารณภัยทั้งระยะก่อนเกิดภัย ระหว่างเกิดภัย และหลังเกิดภัย

(๕) พัฒนาและบริหารจัดการระบบสื่ อสารสั่ งการและเป็นศูนย์ประสานการเชื่ อมโยง ของหน่วยงานสาธารณสุขทั้งส่วนกลาง ส่วนภูมิ ภาค ส่วนท้องถิ่น และภาคีเครือข่ายที่เกี่ยวข้อง ในการช่วยเหลือประชาชนที่ได้รับผลกระทบจากภาวะฉุกเฉินและสาธารณภัย

(๖) สนับสนุนและพัฒนาระบบข้อมูลสารสนเทศ องค์ความรู้ และนวัตกรรมด้านบริหารจัดการ บริการ และวิชาการ

(๗) ปฏิบัติ งานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติ งานของหน่วยงานอื่ นที่เกี่ ยวข้องหรือ ที่ปลัดกระทรวงมอบหมาย