เพื่อประโยชน์ในการส่งเสริมและสนับสนุนการพัฒนานวัตกรรมของประเทศ อย่างบูรณาการและมุ่งให้เกิดผลสัมฤทธิ์ ให้คณะกรรมการมีอำนาจหน้าที่ประสานการปฏิบัติการกับ ส่วนราชการ รัฐวิสาหกิจ องค์การมหาชนอื่น หรือหน่วยงานอื่นของรัฐ เพื่อให้หน่วยงานดังกล่าว ใช้ทรัพยากรบุคคล งบประมาณ และอำนาจหน้าที่ของตนให้เกิดผลสำเร็จตามแผนปฏิบัติการของ สำนักงาน เล่ม ๑๒๖ ตอนที่ ๖๓ ก การประสานการปฏิบัติการตามวรรคหนึ่ง สำนักงานโดยความเห็นชอบของคณะกรรมการ มีอำนาจจัดทำบันทึกข้อตกลงฉบับหนึ่งหรือหลายฉบับระหว่างสำนักงานกับส่วนราชการ รัฐวิสาหกิจ องค์การมหาชนอื่น หรือหน่วยงานอื่นของรัฐ เพื่อกำหนดวิธีการ เงื่อนไข การใช้อำนาจหน้าที่ และ ความรับผิดชอบของหน่วยงานนั้นได้ตามที่เห็นสมควร รวมทั้งการมอบอำนาจของส่วนราชการ รัฐวิสาหกิจ องค์การมหาชนอื่น หรือหน่วยงานอื่นของรัฐให้สำนักงานดำเนินการใด ๆ แทนด้วย ทั้งนี้ ภายใต้กฎหมายว่าด้วยการนั้นและตามความเหมาะสม ในกรณีที่ส่วนราชการ รัฐวิสาหกิจ องค์การมหาชนอื่น หรือหน่วยงานอื่นของรัฐตามวรรคหนึ่ง ไม่ยินยอมทำบันทึกข้อตกลงหรือไม่ปฏิบัติตามบันทึกข้อตกลงโดยไม่มีเหตุอันสมควร ให้คณะกรรมการ รายงานต่อรัฐมนตรีหรือผู้มีอำนาจบังคับบัญชาหรือกำกับดูแลหน่วยงานนั้น เพื่อพิจารณาสั่งการ หรือเสนอ คณะรัฐมนตรีเพื่อวินิจฉัยชี้ขาดและให้มีการดำเนินการตามมาตรา ๘แห่งพระราชบัญญัติองค์การมหาชน พ.ศ. ๒๕๔๒