สภาที่ปรึกษาการบริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ มีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้

(๑) ให้ความเห็นในนโยบายการบริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ที่สำนักงาน สภาความมั่นคงแห่งชาติจัดทำหรือปรับปรุงเพื่อเสนอสภาความมั่นคงแห่งชาติพิจารณา

(๒) ให้คำปรึกษา เสนอแนะ ร่วมมือ และประสานงานกับ ศอ.บต. ในการปฏิบัติการ ตามพระราชบัญญัตินี้

(๓) ตรวจสอบและประเมินผลการปฏิบัติการตามพระราชบัญญัตินี้ของ ศอ.บต. แล้วรายงาน ต่อเลขาธิการ และนายกรัฐมนตรีเพื่อทราบ

(๔) ให้ความเห็นในเรื่องที่นายกรัฐมนตรี หรือเลขาธิการเห็นว่า สมควรได้รับฟังความ คิดเห็นของสภาที่ปรึกษาการบริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้เพื่อประกอบการพิจารณาใน การบริหาร การพัฒนา และการแก้ไขปัญหาในจังหวัดชายแดนภาคใต้ เล่ม ๑๒๗ ตอนที่ ๘๐ ก

(๕) แสวงหาข้อเท็จจริง ข้อมูลข่าวสาร หรือข้อคิดเห็นจากแหล่งต่าง ๆ เพื่อใช้ประกอบการ ดำเนินงานตามอำนาจหน้าที่

(๖) เสนอความเห็นต่อเลขาธิการเพื่อประกอบการพิจารณาในการสั่งให้เจ้าหน้าที่ของรัฐ ฝ่ายพลเรือนออกไปจากจังหวัดชายแดนภาคใต้ตามมาตรา ๑๒และหากมีกรณีฉุกเฉินหรือมีเหตุจำเป็น เร่งด่วน ประธานสภาที่ปรึกษาการบริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้จะเสนอความเห็นไป ก่อนก็ได้ แล้วรายงานให้สภาที่ปรึกษาการบริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ทราบโดยเร็ว

(๗) พิจารณาเรื่องร้องเรียนของประชาชนที่เกี่ยวกับปัญหาความไม่เป็นธรรมหรือได้รับ ความเดือดร้อนอันเนื่องมาจากการปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบหรือการละเลย การปฏิบัติหน้าที่ของเจ้าหน้าที่ของรัฐ เพื่อการนี้อาจเชิญเจ้าหน้าที่ของรัฐที่เกี่ยวข้องมาให้ข้อเท็จจริง หรือแสดงความคิดเห็นหรือให้จัดส่งเอกสารหรือข้อมูลเพื่อประกอบการพิจารณาได้ตามความจำเป็น

(๘) แต่งตั้งคณะกรรมการหรือคณะทำงานเพื่อช่วยเหลือหรือปฏิบัติงานได้ตามความเหมาะสม

(๙) ออกระเบียบเกี่ยวกับการประชุมและระเบียบอื่นที่จำเป็นในการปฏิบัติงานตามอำนาจหน้าที่